垃圾運輸車輛不僅運來了垃圾還帶有大量的垃圾水，它們一并傾倒在垃圾儲存坑內，該廠在儲存坑底下安裝了抽水裝置，把垃圾水抽到廠內日處理量300噸的垃圾水處理系統，通過先進的生化和膜處理技術，把黑臭的垃圾水變成了清澈達標的工業用水，用于發電機冷卻塔、廠區綠化等廠內循環用水。該系統率先采用全封閉臭氣收集工藝，更有效控制廠內臭氣問題。
 

　　升級后的市區環保熱電廠，日處理生活垃圾的能力從過去的700多噸提升到1800噸，年發電量達億2.2億千瓦時，更重要的是主要的煙氣排放指標達到歐盟2000標準。

　　走進今天的市區環保熱電廠，環境優美的園林式廠區、清澈的蓄水池、沒有任何異味的空氣，都徹底顛覆了人們對垃圾處理廠的傳統印象。

　　為增強市民對垃圾處理設施的認識，消除垃圾處理設施的憂慮，加強東莞市垃圾處理事業的支持，市城管局設立市區環保熱電廠開放日。在開放日中，市民可以對市區環保熱電廠的控制室、尾氣處理系統、垃圾滲濾液處理系統等設備進行參觀了解，了解鍋爐的操作情況，也可以對廠內工作流程進行了解，提高對環保熱電廠的認識。