2017年12月至2018年3月，審計署對長江經濟帶11省市[包括云南省、四川省、貴州省、重慶市、湖北省、湖南省、江西省、安徽省、江蘇省、浙江省、上海市，(統稱11省)2016年至2017年生態環境保護相關政策措施落實和資金管理使用情況進行了審計，重點抽查了59個地級市(區)。

審計發現的污染治理方面存在多個問題。報告顯示，長期持續整治的洞庭湖、鄱陽湖等5個國家重要湖泊，由于統籌治理不到位等原因，2017年的水質仍為IV類及以下。

截至2017年底，9省有118座敏感區域的城鎮污水處理廠未按國家要求達到一級A排放標準。因污水處理能力不足、管網損壞等，6個省2017年有2.24億噸污水未有效收集處理或直排入河。

此外，3個省的9個垃圾填埋場或焚燒廠超負荷運行;2個省132處無防滲措施的非正規垃圾堆放點未完成清理;5個省的20個垃圾填埋場或中轉站產生的285.75萬噸滲濾液排入城市管網或周邊水體，還有197萬噸滲濾液積存場內。7個省的48家單位未按規定存儲、轉運或處置危險廢物，4個省的6家單位未按規定處置醫療廢物。

除了污染治理，審計報告還指出了生態環境保護相關資金大量結存、資源開發和生態保護方面存在的問題。審計署有關部門負責人介紹，有的地區小水電無序開發，強度過大，過多地考慮經濟利益而對生態保護重視不夠，對生態環境產生了一定的負面影響。

對于審計查出的問題，記者了解到，目前有關部門正在組織對小水電過度開發問題進行專項整改，相關地方對違規占用岸線等問題已制定整改措施，淘汰10蒸噸以下(含)燃煤鍋爐275臺，關閉或拆除9個飲用水水源地保護區范圍內的建設項目，有關單位已收回部分財政資金。